Служба занимается профилактикой внутрибольничных инфекций. Система эпиднадзора включает в себя регистрацию инфекций, анализ их частоты, структуры, факторов риска, диагностику, источник, пути передачи, анализ смертности от госпитальных инфекций.
Служба ответственна так же за стерилизацию операционного материала.
В больнице работает система микробиологического мониторинга. Сотрудники эпидотдела контролируют питание больных, проверяют пишеблок, своевременность прохождения медосмотров персоналом.
Еще одна задача эпидемиологов - вакцинация персонала от опасных инфекций.